Taller Práctico de VectorBase

Marzo 19 y 20 de 2018 - SIU – Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia  

 

  

Instructor

Gloria I. Giraldo-Calderón, PhD

VectorBase Scientific Liaison/Outreach Manager

Idioma Oficial

El idioma oficial del taller será el español. Debido a que el material de distribución está en inglés, se espera un excelente dominio de la lectura en este idioma.

Acerca del Taller

VectorBase es un Centro de Recursos Bioinformáticos (BRC) centrado en vectores de invertebrados de patógenos humanos. Este BRC actualmente alberga datos de secuencia de 40 genomas. VectorBase también proporciona datos transcriptómicos, proteómicos y de biología de poblaciones de colonias y especímenes de campo para una selección aún más amplia de especies. El objetivo de este taller de dos días es ofrecer la oportunidad a científicos que trabajan en entomología médica y biología de vectores, sesiones prácticas con datos, herramientas y recursos VectorBase.

A continuación, encontrará un enlace para aplicar. Si es aceptado para participar, por correo electrónico, recibirá información sobre la tarea requerida antes del taller. La tarea puede incluir: videos cortos (de hasta 15 minutos cada uno) con algunas preguntas para evaluar su comprensión de los mismos; preguntas de fondo sobre omicas; hasta cuatro documentos científicos y actividades para evaluar su comprensión de algunos de sus puntos clave e importantes. El plazo para enviar sus respuestas vence el jueves 1 de marzo de 2018. La tarea no es opcional porque está destinada a proporcionarle una introducción y una base para el material que se cubrirá durante el taller, lo que facilitará el inicio del trabajo y la discusión en el sitio. Durante los dos días del taller, nuestro objetivo es proporcionar oportunidades para actividades prácticas, debates y ejercicios de práctica, para cada una de las herramientas y temas que figuran en la agenda que se presenta a continuación.

El resultado de esta capacitación depende en gran medida de su dedicación y esfuerzo, que incluye el tiempo invertido antes y durante el taller. Después del taller, se le invita a enviar preguntas de seguimiento al instructor, a través de Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.. 

Fecha y Lugar

Marzo 19 y 20 de 2018, 8:00 a.m. a 5:30 p.m.

SIU-Sede de Investigación Universitaria - Universidad de Antioquia

Calle 62 No 52-59, Auditorio No 3

Medellín, Colombia

En la parte inferior de la página encuentra la ubicación en un mapa de Google esta la ubicación del SIU y otra información de interés

Agenda

(sujeta a cambios)

Día 1, 8:00 a.m. – 5:30 p.m.

Introduction, finding data/information

8:00 – 8:30 a.m: General introduction to omics (lecture)

8:30 – 9:00 a.m: Overview of VectorBase's remit, data, tools and reources (lecture)

9:00 – 9:30 a.m: Automatic annotation of genomes at VectorBase: gene set predictions, functional annotation and projecting gene descriptions (lecture)

9:30 - 10:00 a.m: Genome browser: gene, transcript, protein and location pages (lecture)

10:00 – 10:20 am: Coffee Break

10:20 a.m. – 12:00 p.m: Finding data

  • Search
  • BLAST
  • BioMart

12:00 - 1:00 p.m: Group lunch provided

1:00 - 1:30 p.m: Finding data:

  • Clustal and Hmmer 

Comparative genomics

1:30 – 2:30 p.m: Comparative genomics

  • Genomic alignments
  • Gene trees, orthology & paralogy 

Gene manual annotations 

  • 2:30 – 3:00 pm: Apollo demo and test in sand boxes 

3:00 - 3:20 pm: Coffee Break 

Next Generation Sequencing (NGS) & Galaxy

3:20 - 5:30 pm: NGS & Galaxy

  • Introduction to NGS (lecture)
  • Intro to NGS for transcriptomics (lecture)
  • Galaxy basics (demo)
  • Differential expression workflow (launch jobs)

 

Día 2, 8:00 a.m. – 5:30 p.m.

 Visualizing NGS data

 8:00 - 10:00 p.m: NGS data analyses:

  • Differential expression workflow (view results)
  • Viewing alignment coverage in Galaxy and the genome browser
  • Viewing SNP calls (precomputed results) and their genomic consequences

 10:00 - 10:20 p.m: Coffee Break

 10:20 - 12:00 p.m: Functional genomics

  • Introductory Concepts: microarray and RNAseq data (lecture)
  • Expression Browser and Map
  • Expression tracks in the Genome Browser

12:00 – 1:00 p.m: Group lunch provided

Variation and Population data

1:00 – 3:00 p.m: Finding and browsing genomic variation data

  • Introductory Concepts: Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), insertions and deletions (INDELs) and microsatellites (lecture)
  • Sample & Genotype Explorers 

3:00 – 3:20 p.m: Coffee Break 

Population biology 

3:20 - 4:00 p.m: Simple Search and Browse

4:00 – 4:30 p.m: Map-based search and analysis of insecticide resistance (IR) data

4:30 - 5:00 p.m: Advanced Search 

Wrap up 

5:00 – 5:30 p.m:

Computadores y acceso a Internet

No se proporcionará una habitación con computadoras, por lo que deberá traer su propia computadora portátil. Es importante tener instalada la última versión de Firefox, Google Chrome, Safari o Internet Explorer.

Registro

Costos y matrícula

La tarifa de inscripción es de $ 150,000 pesos colombianos para estudiantes y $ 200,000 pesos colombianos para profesionales. Hay dos opciones de pago:

• Depósito: se puede hacer un depósito con un código único que se enviará a su correo electrónico a la cuenta de Davivienda 0016-6999-9433. Solo disponible para residentes colombianos. Contacte a Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo. si tiene alguna pregunta.

• Pago en línea: esta opción tiene un cargo adicional del 10%, pero la transacción se puede realizar desde cualquier parte del mundo con una tarjeta de débito colombiana o una tarjeta de crédito internacional. 

La tarifa de registro incluye el costo de los materiales de distribución y las comidas durante el entrenamiento (pausas para el café y almuerzos).

Se espera que cada asistente proporcione su propio alojamiento (hotel u otro) y transporte. Si así lo solicita, podemos enviarle una carta por correo electrónico para facilitar la solicitud de fondos o becas para viajes externos.

 

Profesionales ($220000)

Estudiantes ($165.000)

 

Información Hotelera

Si es aceptado para participar y necesita un hotel, le proporcionaremos una lista de los recomendados en enero.

¿Preguntas?

Por favor, direccione sus comentarios o inquietudes a Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

Patrocinadores y Organizadores

Yesica Paola Ardila Ríos, Dirección Ejecutiva. Junta Directiva Socolen 2016-2018. Sociedad Colombiana de Entomologia, Socolen

Carlos Muskus López. Profesor titular Universidad de Antioquia, Facultad de Medicina, Coordinador de la Unidad de Biología Molecular y Computacional del

Programa de Estudio y Control de Enfermedades Tropicales-PECET.

Andres Puerta. Estudiante de Posgrado en Ciencias Básicas Biomédicas

VectorBase, Bioinformatics Resource for Invertebrate Vectors of Human Pathogens. VectorBase ha sido financiado en su totalidad o en parte con fondos federales del Instituto Nacional de Alergia y Enfermedades Infecciosas e Institutos Nacionales de Salud,

NIAID/NIH

 

Medellín, Colombia 

 

 

ImprimirCorreo electrónico